Selvom J. P. Jacobsens forfatterskab ikke er synderligt stort – kun to romaner, nogle noveller, digte (primært udgivet posthumt), samt oversættelser af Darwin – var han en betydelig figur i det moderne gennembrud. Han blev allerede i sin samtid læst i udlandet, og særligt i det tysksprogede område blev han meget kendt. Blandt andre forfattere, der lod sig inspirere af J.P.Jacobsen, er Thomas Mann (1875-1955), Herman Hesse (1877-1962), og Kafka (1883-1924). Ifølge Houe (2026), var Freud (1856-1939) og Thomas Mann påvirkede af Niels Lyhnes intense atmosfære og psykologiske dybde. Selvom værket er struktureret som en dannelsesroman, rummer den altså ikke det karakteristiske håb og udvikling: "Romantikkens dannelsesroman omskrives til den moderne sammenbrudsroman" (Frandsen).

Niels Lyhne blev udgivet på engelsk i 1986 under titlen Siren Voices. 

Operaen Fennimore og Gerda, baseret på Niels Lyhne, er den sidste af den britiske komponist Frederick Delius (1862-1934), som begyndte at skrive den i 1908; den fik dog først sin premiere i 1919. Jacobsen's digtcyklus Gurresange (udgivet posthumt i 1886) er også blevet inkorporeret i musikkens verden: Den banebrydende Schönberg's (1874-1951) Gurrelieder, skrevet for vokalsolister, kor og orkester, blev uropført i 1913.